Η υπακοή κατέχει εξαιρετικά σημαντική θέση στη διδασκαλία του Αγίου Σεραφείμ, ιδίως για τους μοναχούς και τους νέους ασκητές.
Ο Άγιος Σεραφείμ τόνιζε ότι η απόλυτη και ακριβής εκπλήρωση της υπακοής είναι το πρώτιστο διακριτικό ενός μοναχού. Μάλιστα, λόγω του χαρακτήρα του, εκτελούσε τα πάντα με ζήλο, ακρίβεια και κάθε δυνατή τελειότητα, κάτι που θεωρείται απαραίτητο για τους νέους δόκιμους ώστε να μάθουν από την αρχή να καταρρίπτουν την κοσμική υπερηφάνειά τους, τη ρίζα όλων των άλλων παθών και βασική ασθένεια της πεπτωκυίας ψυχής.
Ο Άγιος δίδασκε ότι η υπακοή υπερβαίνει τα πάντα, ακόμη και τη νηστεία και την προσευχή.
Η μοναχή Καπολίνα (Ζένια Βασίλεβνα Μπούτοβα) θυμόταν τα λόγια του:
Να θυμάστε πάντα, η υπακοή υπερβαίνει τα πάντα. Υπερβαίνει τη νηστεία και την προσευχή, και όχι μόνο δεν πρέπει να την αρνούμαστε, αλλά πρέπει να τρέχουμε να την συναντήσουμε. Πρέπει να υπομένουμε κάθε είδους στενοχώρια από τους αδελφούς χωρίς να ταρασσόμαστε και χωρίς να γογγύζουμε, γιατί ένας μοναχός είναι μόνο μοναχός όταν, σαν παπούτσια από φλοιό (μπαστούκι), τον κλοτσούν και τον χτυπούν όλοι. Δεν υπάρχει πιο ολέθριο αμάρτημα από το να γογγύζει, να κρίνει ή να παρακούει τον ανώτερο. Αυτός ο άνθρωπος θα χαθεί.
Επιπλέον, στον πνευματικό του εξομολόγο, τον πρωθιερέα πατέρα Βασίλειο Σαντόφσκι, ο Άγιος Σεραφείμ έλεγε:
Πατέρα, η υπακοή είναι ανώτερη από τη νηστεία και την προσευχή. Να το θυμάστε αυτό και να τους το υπενθυμίζετε πάντα. Κι εγώ συνεχώς τους το υπενθυμίζω.
Θεωρούσε δε την παρακοή ως το προπατορικό αμάρτημα του παλαιού Αδάμ που κατέστρεψε τα πάντα, και πίστευε ότι μόνο μέσω της υπακοής σώθηκε ο κόσμος δια του νέου Αδάμ, του Σωτήρος Χριστού, ο οποίος υπήκουσε μέχρι θανάτου. Συνεπώς, κατά τον Άγιο, δεν υπάρχει τίποτα χειρότερο από την αμαρτία της παρακοής.
Για τους ηγουμένους, ο Άγιος Σεραφείμ δίδασκε ότι ως ποιμένες λογικών προβάτων πρέπει να έχουν το χάρισμα της διάκρισης ώστε να μπορούν να συμβουλεύουν όσους έχουν ανάγκη καθοδήγησης. Αυτό το χάρισμα αποκτάται μέσω της συνεχούς μελέτης της Αγίας Γραφής, της σκέψεως μέρα-νύχτα του νόμου του Κυρίου, και της επιδίωξης για τελειότητα σε κάθε αρετή.
Ο Άγιος Σεραφείμ του Σάρωφ πίστευε ότι όποιος είναι υπάκουος προοδεύει πολύ στην οικοδόμηση της ψυχής του και αποκτά κατανόηση των πραγμάτων και έρχεται σε κατάνυξη. Όταν υπάρχει άμεση εντολή από αρμόδια αρχή, ο Άγιος Σεραφείμ πρόσταζε να εκτελείται αναμφισβήτητα για χάρη της αγίας υπακοής, και να μην συζητούνται ή να κρίνονται οι πράξεις των ανωτέρων, καθώς έτσι προσβάλλεται η Μεγαλειότητα του Θεού από τον οποίο έχουν διοριστεί οι εξουσίες. Να θυμόμαστε πάντα βέβαια να κάνουμε τη διάκριση πότε πρέπει να κάνουμε υπακοή στον Θεό και όχι στους ανθρώπους.
Η υπακοή αποτελεί θεμελιώδη λίθο της ασκητικής διδασκαλίας του Αγίου Σεραφείμ, θεωρούμενη ανώτερη ακόμη και από βασικές ασκητικές πρακτικές όπως η νηστεία και η προσευχή, και απαραίτητη για την πνευματική πρόοδο και την αποφυγή της ολέθριας υπερηφάνειας.